Με την κατασκευή της ο σπάνιος βιότοπος θα μολυνθεί σε επικίνδυνο βαθμό. Ευρύτερες περιβαλλοντικές διαστάσεις, αρνητικές βέβαια, έχει η κατασκευή της χωματερής των Αγίων Σαράντα, ακριβώς πάνω στον αιγιαλό της λιμνοθάλασσας του αρχαιολογικού χώρου του Βουθρωτού. Η λιμνοθάλασσα του Βουθρωτού, που είναι ένας σπάνιος βιότοπος με μεγάλη βιοποικιλότητα, θα μολυνθεί σε επικίνδυνο βαθμό. Οι κάτοικοι της περιοχής καταγγέλλουν ότι «με την δημιουργία σκουπιδότοπου στην περιοχή, εκεί όπου η οριοθέτηση θάλασσας και στεριάς είναι τόσο απροσδιόριστη και όπου η σύζευξη των θαλάσσιων, ποτάμιων και φρεατίων υδάτων είναι τόσο έντονη, παραβιάζονται βασικές αρχές και κανόνες προστασίας του περιβάλλοντος». Μάλιστα ειδικοί που ερεύνησαν το θέμα κατέληξαν στην διατύπωση μιας σειράς αρνητικών συνεπειών από την κατασκευή της χωματερής αυτής.

Ειδικότερα θα «βεβηλωθούν» μνημεία ανεκτίμητης πολιτιστικής κληρονομίας, όπως το αρχαιολογικό σύμπλεγμα του Βουθρωτού,το Μοναστήρι του αγίου Γεωργίου κ.ά. Θα υλοποιηθεί χωρίς να τηρηθούν γεωγραφικά κριτήρια, αφού θα επιβαρύνει περιβαλλοντικά την επαρχία Αλύκου. Θα καταστραφεί με τρόπο μη αναστρέψιμο σημαντική έκταση καλλιεργήσιμης γης σε μια πολύ εύφορη πεδιάδα. Θα παραβιαστεί ο όρος της στεγανότητας που ισχύει για τους χώρους συλλογής και επεξεργασίας απορριμμάτων. Θα αμφισβητηθεί όλη η οικονομική δραστηριότητα στη λίμνη και κυρίως η καλλιέργεια των μυδιών και άλλων οστρακοειδών.